Территория комплекса характеризуется сложным рельефом с оврагами и балками, на склонах которых расположены меловые скалы. Именно на этих склонах находятся входы в пещеры, представляющие основную ценность объекта.
Главная причина придания этой территории статуса особо охраняемой – обитание и зимовка здесь пяти видов летучих мышей, включая Ночницу Наттерера, занесённую в Красную книгу Воронежской области. Привлекательность комплекса для рукокрылых обусловлена его удалённостью от населённых пунктов, наличием многочисленных пещер с подходящими микроклиматическими условиями, а также трещинами, щелями и карнизами, используемыми животными.
Присвоение статуса особо охраняемой природной территории необходимо для защиты экосистемы от антропогенного воздействия. На территории комплекса и прилегающих землях будут введены строгие ограничения. Запрещается любая деятельность, нарушающая сохранность памятника природы, вредящая животному миру, а также посещение пещер в период гибернации рукокрылых. Недопустимы сбор лесных ресурсов, мелиоративные и ирригационные работы, добыча полезных ископаемых, строительство, использование токсичных химикатов и размещение отходов. Также запрещено выращивание растений, проведение взрывных работ, выжигание растительности, использование открытого огня в пещерах, организация рекреационной деятельности, проезд и стоянка автотранспорта, охота.
Использование «Колыбелкинского пещерного комплекса» будет возможно в научных и эколого-просветительских целях, для сохранения его состояния и предотвращения стихийных бедствий. Также на территории разрешено проведение природоохранных мероприятий и благоустройство.